Review Pemanfaatan Marka<i>Simple Sequence Repeat</i> (SSR) dalam Kegiatan Analisis Keragaman Genetik Plasma Nutfah Padi Lokal di Indonesia

Analisis keragaman genetik plasma nutfah padi lokal Indonesia dapat dilakukan baik secara morfologi, biokimia, maupun molekuler. Studi terkait penanda molekuler sangat diperlukan untuk mendukung program pemuliaan tanaman, karena penggunaan penanda molekuler bersifat lebih efektif dan presisi dalam menganalisis keragaman genetik tanaman. Salah satu penanda molekuler yang banyak digunakan pada studi keragaman genetik tanaman padi yaitu penanda mikrosatelit atau Simple Sequence Repeat (SSR). Penanda SSR dapat mendeteksi keragaman genetik berdasarkan perbedaan tingkat polimorfisme DNA. Identifikasi aksesi plasma nutfah padi lokal Indonesia berbasis penanda SSR diperlukan untuk menganalisis hubungan kekerabatan antar aksesi serta mencegah terjadinya duplikasi pada koleksi plasma nutfah yang ada sehingga potensi yang dimiliki oleh tiap aksesi dapat dimanfaatkan secara optimal pada program pemuliaan tanaman. Beberapa studi terkait pemanfaatan penanda SSR dalam menganalisis keragaman genetik padi lokal di Indonesia telah banyak dilakukan. Hasil studi tersebut menunjukkan bahwa penanda SSR yang digunakan dapat mengidentifikasi adanya duplikasi pada koleksi plasma nutfah padi lokal yang digunakan, serta dapat mengelompokkan koleksi padi lokal berdasarkan karakter warna beras, ketan dan bukan ketan, serta daerah asal.