Identifikasi trenggiling (Manis javanica) menggunakan penanda cytochrome B mtDNA

Penelitian genetik trenggiling Manis javanica dilakukan untuk mendapatkan gambaran profil dari lokasi asal satwa. Koleksi sampel dilakukan dari hasil sitaan yaitu Bandara Cengkareng-Tangerang, Medan dan Lampung, serta sampel hasil koleksi di alam yaitu dari daerah Balik Bukit, Tanggamus, Provinsi Lampung dan Sukabumi, Jawa Barat. Tujuan penelitian adalah untuk mengetahui profil genetik trenggiling dalam penentuan asal satwa dalam proses budidaya dan asal usul perdagangan ilegal. Penelitian menggunakan gen Cytochrome b (Cyt. B) mitokondria DNA (mtDNA). Hasil menunjukkan bahwa trenggiling hasil sitaan tersebar di dalam tiga clade dan dua kelompok berdasarkan perbedaan basa dari jajaran nukleotida sepanjang 420 nt. Variasi haplotipe tinggi yaitu terdiri dari 19 haplotipe (TR1-TR19) dari 19 individu. Pada clade pertama yaitu TR4,7,16,9,dan 19, substitusi tinggi pada basa adenin (A); clade kedua yaitu TR14,17,1,2,15,3,8, dan 13, substitusi tinggi pada basa guanin (G) dan clade ketiga yaitu TR5,6,10,11, dan 12,, substitusi tinggi pada basa cytosin (C). Dapat disimpulkan bahwa variasi haplotipe dari masing-masing populasi cukup tinggi tetapi jarak genetik antar individu rendah. Secara keseluruhan mutasi yang terjadi didominasi oleh transisi dari basa guanin ke adenin.