Keragaman komunitas bakteri pemfiksasi nitrogen berdasarkan profil Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) dan sekuensing gen nifH

Fiksasi N2 secara biologis berperan penting sebagai mekanisme masuknya nitrogen ke dalam ekosistem perairan. Proses ini melibatkan kompleks enzim nitrogenase yang disandikan oleh gen nif, sehingga gen tersebut dapat dijadikan sebagai marker untuk mengetahui keberadaan mikroba pemfiksasi N2. Penelitian bertujuan untuk mengetahui keragaman komunitas bakteri pemfiksasi N2 di Situ Sawangan Bojongsari, Jawa Barat. Penelitian mencakup analisis parameter fisikokimia yaitu suhu, pH, oksigen terlarut, Total Nitrogen (TN), bahan organik total (TOM, Total Organic Matter), bahan organik terlarut (DOM, Dissolved Organic Matter), karbon organik total (TOC, Total Organic Carbon), NNH4, NNO3, dan NNO., analisis kelimpahan bakteri menggunakan metode MPN dan analisis keragaman bakteri menggunakan DGGE serta sekuensing gen nifH. Kelimpahan tertinggi bakteri pemfiksasi N2 terdapat di sedimen pada kedalaman 2 5 cm (4.43 Log sel/g) dan kelimpahan terendah terdapat di kolom air pada kedalaman 0 cm (2.46 Log sel/mL). Total pita DNA gen nifH yang dihasilkan setelah DGGE adalah sebanyak 11 pita DNA. Sebanyak 6 dari 11 pita DNA yang diisolasi memiliki identitas dan score value tertinggi dengan gen nifH dari uncultured bacterium (8090%) serta memiliki kemiripan sekuen asam amino dengan protein fungsional dari nifH yaitu nitrogenase (65 92%). Sebanyak 5 isolat gen nifH teridentifikasi sebagai nitrogenase reductase dari uncultured bacterium dan 1 isolat gen nifH teridentifikasi sebagai nitrogenase reductase dari Methylomonas sp. MKI. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa keenam isolat gen nifH diantaranya memiliki kekerabatan terdekat dengan kelompok bakteri α dan β proteobakteria yaitu Bradyrhizobium sp. ORS324, Azospirillum brasilense, dan Azotobacter vinelandii.