Kloning fragmen DNA PIK3CA ekson 1, 4, dan 20 untuk aplikasi paket sistem deteksi mutasi PIK3CA pada kanker payudara berbasis PCR

Kanker payudara merupakan penyebab utama kematian pada wanita didunia. Faktor pemicu timbulnya kanker, sampai saat ini masih belum diketahui dengan pasti. Adanya mutasi pada gen-gen yang penting dalam proses seluler dapat menjadi marker kanker atau pun penanda untuk pengobatan pasien penderita kanker. Salah satu biomarker kanker yang penting tersebut adalah gen PIK3CA. Gen PIK3CA mengkodekan subunit katalitik p110α enzim PI3K, yang berperan penting dalam proses seluler, seperti proliferasi dan diferensiasi sel. Mutasi pada beberapa titik di gen ini dapat menginduksi transformasi onkogenik sekaligus juga sebagai factor prediktif pengobatan kanker payudara. Pada penelitian ini dilakukan kloning fragmen DNA ekson 1, 4 dan 20 gen PIK3CA pada plasmid pGEM-T Easy dengan menggunakan E.coli DH5-alpha sebagai inangnya. Kloning ini dilakukan untuk mempersiapkan kontrol sistem deteksi mutasi PIK3CA pada pasien kanker payudara berbasis PCR. Proses kloning berturut-turut meliputi: PCR dengan DNA genomik sebagai template, purifikasi dan ligasi ke dalam pGEM-T, trasnformasi dengan metoda heat shock selanjutnya ditumbuhkan ke dalam media LB yang sudah diberi ampisilin, IPTG dan X-gal. Konfirmasi rekombinan target dilakukan dengan teknik seleksi biru-putih, PCR koloni, ekstraksi plasmid, PCR plasmid, dan
sekuensing. Hasil yang didapatkan adalah gen PIK3CA ekson 1, 4, dan 20 telah berhasil diinsersi ke dalam plasmid pGEM®-T.
vi Berdasarkan hasil sekuensingnya, tidak ditemukan adanya mutasi pada PIK3CA hasil cloning, Dengan demikian, rekombinan yang didapatkan dari penelitian ini dapat digunakan sebagai kontrol non mutasi untuk aplikasi paket sistem deteksi mutasi PIK3CA pada kanker payudara berbasis PCR.