DNA extraction and amplification of the rbcL (ribulose-1,5- bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit) gene of red seaweed Gracilaria sp. from Bahoi Waters, North Minahasa Regency

Kualitas hasil ekstraksi DNA dan amplifikasi gen pada alga dipengaruhi oleh beberapa faktor diantaranya adalah karakter dan komponen penyususun dinding sel alga itu sendiri. Oleh karena itu, prosedur ekstraksi yang berhasil dilakukan pada pada satu jenis alga dapat saja gagal dilakukan untuk jenis alga lainnya. Penelitian ini dilakukan untuk mengkaji beberapa teknik ekstraksi DNA dan kondisi amplifikasi gen rbcL (ribulose-1,5- bisphosphate carboxylase/oxygenase large subunit) pada alga jenis Gracilaria sp. dari perairan Bahoi, Minahasa Utara (1260 43’48’’N 1250 1’33”E). Ekstraksi DNA Gracilaria sp. dilakukan menggunakan metode konvensional (CTAB, Cetyltrimethyl ammonium Bromide), dan menggunakan kit ekstraksi komersil (innuPrep Plant DNA Kit dan Geneaid Genomic Plant Mini Kit). Amplifikasi gen rbcL dilakukkan menggunakan 2 pasang primer (rbcLaF; ATGTCACCACAAACAGAGACTA AAGC, rbcL-aR; GTAAAATCAAGTCCACCRCG, dan rbcL-1F ATGTCACCACA AACAGAAAC, rbcL-724R TCGCATGTACCTGCAGTAGC dan 2 kondisi suhu annealing berbeda (45 dan 500 C). DNA genom alga (Gracilaria sp.) dapat diekstraksi menggunakan prosedur Geneaid DNA Mini Kit (Plant) yang ditandai adanya pita DNA pada gel agarose. Gen rbcL of Gracilaria sp. dapat diamplifikasi menggunakan pasangan primer rbcL 1F dan 724R pada suhu annealing 500 C yang ditandai dengan adanya pita DNA tebal pada posisi sekitar 300-400 bp (1kb marker, Solis Biodyne). Munculnya pita DNA target pada posisi tersebut mengindikasikan keberhasilan amplifikasi gen target secara parsial.